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ガルディア王国建国1000年のお祭りでにぎわう「リーネ広場」の一角。
主人公の少年「クロノ」はひょんなことから「マール」と名乗る一人の少女と出会う。

一緒にお祭りを回ることになった二人はクロノの幼馴染「ルッカ」が発明した物質転送マシン「テレポッド」を見物することに。
しかしテレポッドは暴走し、好奇心から実験台となったマールは次元の穴に消えてしまう。

マールが残したペンダントを手に、次元の穴へと彼女を追いかけるクロノが辿り着いた先は400年前の世界だった・・・。

忘れられた過去へ、はるかなる未来へ、そして時の最果てへ・・・。
星の命を救うための大冒険が、幕を開ける。

永い間、人々に語りつがれてきた光の伝説がある。
土、火、水、風をつかさどる4つのクリスタルに光が宿る限り、この世界は守られる。
クリスタルの光が失われ、空はよどみ、作物は枯れ、海は荒れ狂い、永い間眠っていた火山が炎を吹き上げた時、クリスタルに導かれた4人の光の戦士が現れると…。

遥か彼方の世界において…永く続いていた平和が今、終わりを告げた
パラメキア帝国の皇帝は魔界から魔物を呼び出し、世界征服にのりだしたのである

これに対し反乱軍は、フィン王国で立ち上がったが、帝国の総攻撃に遭い、城を奪われ、
辺境の町アルテアへと撤退しなければならなかった
ここフィン王国に住む4人の若者達も敵の総攻撃によって両親を失い執拗な敵の追手から逃げ続けていた…

そのグルガン族の男は静かに語った・・・この大地震でさえも単なる予兆にすぎぬと

世界の光の源であるクリスタルを地中深く引きずり込み
魔物を生み出した大いなる震えさえも
これから起きることに比べれば些細なことにすぎない

それはとてつもなく大きく 深く 暗く そして悲しい・・・
だが希望はまだ失われてはいない

4つの魂が光に啓示を受けるであろうそこから全てが始まりーー

語られなかった謎がついに明かされる―
暗黒騎士、セシル。

飛空艇団“赤き翼”の部隊長であった彼は王の動向に不信を抱いた罪で
その座を剥奪され辺境の村ミストに向かう別命を受ける
親友である竜騎士部隊長カインと共に・・・

伝説のクリスタルが今、静かに語り始める
誰もまだ知らなかった真実の物語を・・・

かつての戦いが終わりを告げ、
セシルとローザの間にはセオドアという息子が生まれた。

物語はそのセオドアが飛空艇団「赤き翼」に志願し一人前となる試練に向かうところから始まる。

空には再びもう一つの月があらわれ、魔物たちが動き出す。

平穏を取り戻した青き星に、新たなる異変が迫りつつあった。

土、水、火、そして風…世界の調和をもたらすクリスタル。
その輝きが今、失われ、砕け散ろうとしていた。

「風が、変わった？」

チョコボに乗った旅人バッツ、タイクーン上の王女レナ、記憶を失った謎の老人ガラフ、美貌の海賊ファリス。

異変の前触れを感じ、それぞれの運命に従うように出会った4人。
クリスタルの導き、そして受け継ぐ心。

強き意志を秘め、勇者たちは冒険の旅に出る。

かつて人間と幻獣を結ぶ絆が存在していた時代、人間たちは幻獣の力を借りて戦争を引き起こした。
この世のすべてを焼き尽くした「魔大戦」――
その終結と同時に幻獣たちは、己の力が人間に悪用されることを恐れて幻獣界へ姿を隠し、彼らが持つ「魔導の力」は人間界から消え去った。

悪夢のような大戦から1000年、ふたたび戦禍が大地を覆う。

鉄や火薬、蒸気機関によって復興をとげた世界において、世界征服をたくらむガストラ帝国の皇帝が、失われたはずの魔導の力を復活させたのだ。
その力で強大な軍隊を組織した帝国は、周辺諸国をつぎつぎと滅ぼしていく。
しかし、すべての者が帝国の横暴に甘んじているわけではなかった。
世界を守るため、復讐のため、自分の生きる意味を探すため――多くの者がそれぞれの思いを胸に反帝国組織リターナーに身を寄せ、帝国に抵抗を試みる。

双方の衝突は、やがて幻獣をも巻きこみ、世界の存亡をかけた戦いへと発展していく。